Arnaud Ferré

Arnaud Ferré

Doctorant interdisciplinaire pour les sciences du vivants, MaIAGE de l'INRA & LIMSI du CNRS/Université Paris-Sud

Gif-sur-Yvette, France

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Son parcours

  • Aujourd'hui
    2017
    Octobre 2015

    Doctorant interdisciplinaire pour les sciences du vivants

    MaIAGE de l'INRA & LIMSI du CNRS/Université Paris-Sud

    Thème : IA appliquée à la représentation des connaissances en biologie des systèmes
  • Aujourd'hui
    Septembre 2015
    Mars 2015

    Ingénieur de Recherche

    Institut de Modélisation des Systèmes du Vivant

    Projet : Conception d'une ontologie pour décrire les processus contrôlant le phénotype de la cellule (des cellules bactériennes), pour servir notamment à la réalisation de nouveaux simulateurs.

    Mots-clés : Biologie des systèmes, ontologie, biologie moléculaire, biochimie

    Site de l'IMSV : https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/recherche/projet/lidex-imsv
  • Aujourd'hui
    Juin 2014
    Janvier 2014

    Bioinformaticien en neurosciences computationnelles (Sciences cognitives/électrophysiologie)

    Centre de Neurosciences Paris-Sud (CNPS) - CNRS

    Projet (en partenariat avec la plate-forme Neurospin du CEA de Saclay) : Etude des mécanismes de communication intra- et inter-structures cérébrales. En particulier, étude de structures spécifiques impliquées dans la perception du temps régulée par les émotions (principalement, étude de l'amygdale, du striatum et du cortex préfrontal).

    Mission : Création d'un logiciel de traitement et d'analyse de signaux électrophysiologiques permettant de mettre en évidence un type de communication intra- et inter-structures spécifique (le couplage inter-fréquence). Ce logiciel permet aujourd'hui d'assister des utilisateurs neurobiologistes dans leur interprétation des mécanismes cérébraux étudiés.

    Compétences développées :
    - Analyse préliminaire de projet
    - Électrophysiologie
    - Neurobiologie
    - Élaboration d'un programme en Python (avec les bibliothèques: Matplotlib, SciPy, Numpy, ...)
    - Utilisation de l'IDE Eclipse (PyDev)
    - Initiation aux expérimentations animales (boîte de Skinner, récupération de données biologiques, analyse de données, ...)
    - Problématique de la Recherche
    - Préparation du transfert technologique (notamment en vue d'une généralisation des types de communication étudiés)

    Liens :
    - Laboratoire d'accueil (CNPS/CNRS) : http://www.cnps.u-psud.fr/recherches/presentation
    - Equipe d'accueil : http://www.cnps.u-psud.fr/recherches/equipe/presentation/2
    - Neurospin : http://www-dsv.cea.fr/en/institutes/institute-of-biomedical-imaging-i2bm/departments/neurospin-neurospin
  • Bioinformatique et Génomique

    Master
    Spécialisation interdisciplinaire en bio-informatique. Base biologique principale : génomique et protéomique. Initiation aux neurosciences grâce aux stages.
    UEs informatiques : Java (dont réalisation d'une application Androïd), IDE Eclipse, Base de données (SQL, MySQL), projets en Python.
    Site du Master : http://www.sve.univ-rennes1.fr/internet/Formations/Masters/BIG/
  • Aujourd'hui
    Août 2013
    Avril 2013

    Neuro-informaticien (imagerie cérébral, notamment IRM)

    1000 - 4999 employés

    Projet : Réalisation d’un logiciel adaptant une chaîne de traitements d’images IRM pour la détection de dysplasie ou d’hétérotopie (i.e. des lésions cérébrales) sources de l’épilepsie.

    Mission : Un travail bibliographique a d'abord été réalisé pour comprendre les fondements biologiques des pathologies étudiées, ce qui m'a permis de m'initier aux neurosciences. La méthode existante ayant montré un fort potentiel pour la détection de lésions pour la sclérose en plaques, il s'agissait d'étudier sa possible généralisation pour la segmentation de lésions cérébrales pour d'autres types de pathologies.

    Compétences développées :
    - OS : Windows/LINUX (machine virtuelle Fedora)
    - Langage de programmation : C/C++ (et MATLAB)
    - Bibliothèques logicielles : ITK, VTK, VISTAL, BOOST, QccPack, PThread (et SPM)
    - Constructeur logiciel : Cmake
    - IDE : Code::Block et Visual Studio
    - Discipline : traitement de l'images (notamment, problématique de segmentation)
    - Bureautique : pack Office (pour présentations et rapports)

    Equipe d'accueil : VISAGES (http://www.inria.fr/equipes/visages)
  • Aujourd'hui
    Août 2012
    Janvier 2012

    Ingénieur Subventionné de l'Etat (IJD)

    INRIA Paris-Rocquencourt

    Sujet : Réalisation d'un prototype de plateforme web collaborative pour les bio-mathématiques s'appuyant sur des scripts Scilab existants.

    Equipe : SISYPHE, responsable : Michel Sorine
    (http://www.inria.fr/equipes/sisyphe)
    Responsable projet : Frédérique Clément

    Projet : Etude d'un signal sous-échantillonné représentant la sécrétion d'une hormone particulière (hormone lutéinisante - LH) liée au cycle d'ovulation chez les mammifères. Etude des pics d'activité, en particulier de leur fréquence.
    (https://www.rocq.inria.fr/sisyphe/paloma/paloma.html)

    Mission et compétences développées associées :
    - Analyse préliminaire du projet
    - Rédaction d'un Cahier des Charges Fonctionnel
    - Développement web d'une première maquette (HTML, javaScript, CSS, PHP, SQL) (https://dynpeak.inria.fr/)
    - Utilisation de Scilab (adaptation des scripts existants)
    - Notion de traitement du signal (cas de signaux sous-échantillonnés)
    - Suivi de projet (Microsoft Project, gestionnaire de version SVN, pack Office 2011...)
    - Réalisation d'un cahier des charges technique (spécification : YAWL)
    - Préparation du transfert technologique
  • Ingénierie de Gestion des Organisations / STIC

    Diplôme d'ingénieur des Grandes Ecoles
    1ère année : Ingénierie généraliste (mécanique, informatique, électronique, formation humaine et sociale, EPS)
    2ème année : Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (STIC) (systèmes embarqués, traitement du signal et d'image, automatique, modélisation informatique, ...)
    3ème année : Ingénierie et Gestion des Organisations (gestion d'entreprise, de projets, management)/STIC
  • Aujourd'hui
    2011

    Assistant aux chefs de projet

    API-NC (Nouvelle-Calédonie)

    Sujet : Soutien aux chefs de projet lors du déploiement du premier réseau 3G de Nouvelle-Calédonie et la généralisation du réseau 2G.

    Mission : Rédaction et suivi des DOEs (documents d'ouvrages exécutés) menant à la validation par les clients de la bonne et due forme des sites aménagés vis-à-vis du cahier des charges techniques. Suivi de l'avancement du déploiement à l'interface entre les clients et les techniciens & cadres de l'entreprise. Réponse à des appels d'offres annexes. Soutien à la comptabilité du projet.

    Compétences développées : Gestion/suivi de projet, Pack Office, comptabilité, relation client, finances publiques, réponse à des appels d'offres.
  • Aujourd'hui
    2010

    Assistant ingénieur

    THALES TSA

    Sujet : Conception et mise en place d'un site intranet visant à fédérer l'ensemble des outils web/intranet de la division.

    Mission : Conception intégrale d'un site intranet (jusqu'à sa mise en fonction effective) en veillant en priorité à respecter les problématiques de sécurité et à faciliter l'accès et la recherche de données (méta-moteur de recherche). Sensibilisation à la gestion des failles de sécurité (notamment aux injections SQL et au cross-site scripting - XSS).

    Compétences développées : Programmation web (HTML/CSS, PHP), conception de base de donnée (SQL), sensibilisation à l'organisation matricielle
  • Aujourd'hui
    2009

    Assistant de Recherche

    Sujet : Participation au concours de robotique SAUC-E (Student Autonomous Underwater Challenge – Europe ; http://sauc-europe.org/) au sein du laboratoire DTN de l’ENSIETA pour l’équipe du professeur Luc Jaulin (http://www.labsticc.fr/le-pole-cid/ihsev/). Contribution au concours WRSC (World Robot Sailing Championship ; http://www.roboticsailing.org/).

    Mission : Gestion du matériel, de la logistique et de la communication.

    Compétences développées : Montage vidéo (Adobe Premiere), logistique, communication/événementiel, bricolage...
  • Classes préparatoires MPSI / MP

    Formation scientifique pluridisciplinaire : mathématiques, physique, sciences de l’ingénieur, littérature & philosophie, chimie, informatique, langue étrangère.
    Travail d'initiative personnelle encadré (TIPE) : Etude approfondie des systèmes d'équations proie-prédateur de Lotka & Volterra.

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Ses compétences

  • Architecture logicielle
  • Programmation
  • Programmation informatique web
  • Mathématiques
  • Interdisciplinarité
  • Gestion de projets
  • Entrepreuneuriat
  • Electrophysiologie
  • Bio-informatique
  • Base de données
  • Neurosciences
  • Apprentissage

Ses langues parlées

  • Français
    ****Langue maternelle
  • Anglais
    ***Courant*
  • Allemand
    *Débutant***

    Ses centres d'intérêt

    cinémanouvelles technologiesgastronomieboxepianointeraction sociale

    Sa présentation

    Après l'obtention d'un premier diplôme d'ingénieur des Grandes Ecoles de l'ENSTA Bretagne en STIC/ Ingénierie & Gestion des Organisations, ainsi qu'une première expérience professionnelle d'ingénieur d'étude à l'INRIA de Paris-Rocquencourt (équipe SISYPHE), j'ai choisi de reprendre mes études dans le but de me spécialiser dans les biotechnologies.

    Après avoir été diplômé du Master de Bioinformatique et Génomique de l'Université de Rennes 1, j'ai occupé un poste d'ingénieur de Recherche entre l'unité MaIAGE de l'INRA de Jouy-en-Josas et le LRI du CNRS et de l'Université Paris-Sud d'Orsay. Depuis octobre 2015, j'effectue ma thèse de doctorat en informatique appliquée à la biologie, dans le cadre du programme d'Initiative Doctorale Interdisciplinaire (IDI) de l'IDEX Paris-Saclay.

    Je recherche avant tout à participer à des projets ambitieux et innovants où ma compétence principale en ingénierie logicielle pourrait représenter un point d'entrée. J'espère pouvoir me démarquer en particulier grâce à ma forte capacité d'adaptation, aussi bien sur le plan scientifique que sur le plan humain. Toute expérience qui pourra aussi me permettre de développer mes compétences en gestion de projet et en entrepreneuriat m'intéresse également. Toute entreprise ou laboratoire proposant ce type de projets appliqués au secteur des biotechnologies est susceptible de m'intéresser à la sortie de ma thèse (quelque soit sa localisation géographique). Je reste également à l'écoute de proposition de projets entrepreneuriaux.

    Son activité sur Viadeo

    Ses derniers contacts
    As Lat
    Alexandre Kabil
    Corentin Grenier
    Eméric BANKOLE

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