Mes compétences :
Informatique
Mathématique
Biotechnologies
Entreprises
BioNext
- Directeur R&D
2015 - 2017- Conception d'algorithmes pour répondre à des questions dans le domaine bio-pharma
- Développement informatique (JAVA/python)
ASE2i
- Analyste programmeur
Entzheim2014 - 2015Développement informatique au service monétique EID, et plus spécifiquement aux autorisations.
- Déboggage, recette et mise en production d'une application réalisant la transition des données entre deux versions d'une même application d'historisation des autorisations
- Déboggage d'une application de consultation des autorisations.
Système Z/OS. Développement COBOL, DB2, IMS.
IGBMC
- Post-doctorant
CHAMBRAY LES TOURS2010 - 2013Modélisation intégrative de complexes macromoléculaires. En particulier, mise en place et estimation de la pertinence d'un protocole de modélisation ultra-gros-grain.
Analyse comparative d'un ensemble de protéines (participation au développement du logiciel strstat).
Exploration de l'espace conformationnel d'une poche de protéine.
Administration système linux, mise en place de systèmes de gestion de file Torque et slurm.
Développements logiciels C++, Python, Perl. Bibliothèques IMP et Rosetta.
Loria - Inria Loraine
- Post-doctorant
2010 - 2010Travaux préparatoires à la mise en place d'une base de données de sites d'interaction et de leurs intéractants. Adaptation de mes travaux de thèse à la délinéation des sites d'interaction.
Développement Python et C++.
Université Louis Pasteur
- ATER (Assistant professeur)
2007 - 2008Assistant temporaire à l'éducation et à la recherche
Localisation : UFR de mathématique et d'informatique
Cours :
- JAVA : 30 heures de TDs sur machine (filière m2cci)
- SQL, Mysql : 18 heures de TPs (filière m1gsb)
- Algorithmique en VB pour Excel : 22 heures de TD et 3x10 heures de TPs
IGBMC
- Doctorant
CHAMBRAY LES TOURS2004 - 2009Laboratoire : IGBMC (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire) DBGS (Département de Biologie et de Génomique Structurale) Illkirch Strasbourg. LSIIT/IGG.
Sujet : Détection et caractérisation des poches dans les macromolécules. Développement d'un outil informatique pour la détection automatique des poches dans les molécules, ainsi que leur caractérisation en terme de volumétrie (aire et volume) et de forme. Ce sujet se situe à l'interface entre biologie structurale et informatique géométrique.
Encadrement : Pr J.M Wurtz DBGS-IGBMC (ED sciences de la vie et de la santé), Pr D Bechmann IGG-LSIIT (ED sciences de l'information et de l'ingénieur)
Réalisation : Étude de l'existant en matière de techniques de détection de poches. Familiarisation avec les domaines de la biologie, de la géométrie algorithmique, de la modélisation géométrique, du paradigme objet et des design pattern. Développement d'une librairie C++ utilisant la librairie CGAL. Développement OpenGl et QGLViewer. Réalisation d'un prototype. Développement TclTk pour une interface graphique intégrée dans le logiciel de visualisation VMD. Développement de propriétés pour la description de la surface des protéines.
En cours : Développement d'un nouvel algorithme de recherche des poches en surface des protéines.
ICPS - LSIIT
- Ingénieur d'étude en informatique
2001 - 2003Cadre: Projet TAG (Transformation et adaptation à la grille), équipe ICPS (Image et calcul parallèle) du LSIIT (Laboratoire des Sciences de l'Image, de l'Informatique et de la Télédétection) à Illkirch.
Mission : Support aux chercheurs, sur le plan technique ainsi qu'en recherche. Le projet était axé sur l'optimisation de performances des codes parallèles lors d'une exécution sur une grille de calculs.
Réalisations : Mise en place et maintenance d'une grille de calcul expérimentale avec le framework globus. Programmation C, MPI, perl, XSLT. Administration système et grille. Travail de recherche ayant donné lieu à publications.
Coframi
- Software ingeneer
Paris2000 - 2001Cadre : ALSTOM Saint-Ouen pour la société de service Coframi
Mission: Maintenance, débogage, intégration et développement d'une IHM (Interface Homme-Machine) pour le métro automatique de Singapour.
Réalisation : Développement sous le framework Citect. Développement cicode et perl. Audit et intégration de plugins JAVA dans l'IHM.
Sujet : « Application de la théorie des formes alpha pour la caractérisation de la surface et des poches de macromolécules biologiques »
Réalisations : Mise en place de méthodologies et d'outils informatiques basés sur la géométrie algorithmiques afin de détecter les cavités et les protrusions dans la structure des protéines et sur leurs surface.
Développement : C++, Perl, TclTk
