Plateforme génomique - INRA TOULOUSE
- Ingénieur d'études en Bioinformatique
2012 - maintenantSuivi des analyses qualité des données NGS (HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 2500 1T, MiSeq, 454) :
- Former/assister l'équipe de biologiste NGS dans l'utilisation des outils pour l'analyse qualité des données mises à disposition dans nG6. (http://ng6.toulouse.inra.fr/)
- Résoudre les problèmes liés aux analyses qualités remontés par l'équipe de biologistes (évaluation des BMS, contamination intra lane, etc ...)
- Participation à la mise en place de nouvelles technologies de séquençage comme par exemple la technologie 3ième génération MinION d'Oxford Nanoport.
Participation à l'évolution des pipelines d'analyse : responsable du développement de nouveaux pipelines jflow à intégrer à nG6 en partenariat avec la plateforme genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr) .
Pipelines mis en place ou maintenu : MiSeq 16S, HiSeq MatePair, MiSeq Séquencage De Novo, HiSeq Capture, HiSeq RAD-Seq etc ...
Rédaction des documents d'utilisation des outils et formation des utilisateurs.
Responsable du processus "Analyses Qualités des données" dans le cadre de la normalisation ISO 9001:2008 de la plateforme. Participation à la mise en place de la norme NFX 50-900.
Partie prenante du work package "Analyse de données qualité" et "Système d'information" de France Génomique (https://www.france-genomique.org/)
Institut de Génétique et de Microbiologie
- Ingénieur d'Etude
2010 - 2012Poste de IE en Bioinformatique au sein de la plateforme de Bioinformatique de l'université Paris Sud localisé à l'IGM.
Missions :
- Analyse des données NGS des équipes de l'université de Paris Sud.
-> Analyse Séquencage de Novo (Assemblage : Velvet, Mira, etc...)
-> Analyse de resequencage (Mapping sur un génome de référence : Soap, Soap2, Bowtie, BWA, Bfast, Tophat, etc...). Recherche de SNPs et/ou indels.
-> Analyse de transcriptome RNA-Seq. Recherche de nouveaux transcripts (codant, non codant). Analyse d'expression différentielle.
- Création et mise à jour du site de la plateforme : http://ebio.u-psud.fr
Plateforme : eBio
Equipe d'accueil : RNA Sequence, Structure and Function
chef d'équipe : Daniel Gautheret.
Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
- Stagiaire de Master 2 pro
2009 - 2010Stage de 10 mois (mars 2009-janvier 2010) de bioinformatique.
Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS afin de rechercher les polymorphismes entre plusieurs génomes de Wolbachia.
- Benchmark des différents logiciels de mapping (SHRiMP, Maq, SOAP, SOAP2, Bowtie, SHORE etc...).
- Benchmark des différents logiciels d'assemblage de Novo.
- Mise en place d'une interface d'utilisation des différents logiciels avec Pise.
Maître de stage : Khalid BELKHIR
ENSBANA Dijon
- Stagiaire de Licence
2007 - 2007Stage de 4 mois de Bioinformatique au sein de l'ENSBANA à Dijon.
Sujet : Etude biochimique et génétique de la micro flore fongique impliquée dans le goût de moisi terreux des vins.
