François EHRENMANN

Développement d'un Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrant les différents champs (génétique, génomique, écologie)

Développement et maintenance de bases de données de 6 unités du département dans le cadre du réseau Evoltree : Séquences d'ADN (EST), Marqueurs génétiques (SSRs et SNPs), Cartes génétiques et QTLs, Données géoréférencées de la diversité génétique, Tests de provenances, Données phénotypiques et données des Sites d'observation (ISS).

Contribution à la pérennisation du réseau Evoltree au travers des autres outils électroniques.

Gestion des flux d’information, traitement informatique et expertise biologique en immunogénétique pour le système d’information IMGT, the international ImMunoGeneTics information system® ( http://www.imgt.org ), Laboratoire d’ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM), sous la direction des Professeurs. M.-P. et G. Lefranc, Institut de Génétique Humaine de Montpellier, UPR 1142.

Réception électronique et traitement informatique des séquences protéiques d’immunoglobulines (IG) et de récepteurs des cellules T (TR) en provenance de la Protein Data Bank: expertise et affectation de mots clés issus des concepts de IMGT-ONTOLOGY aux nouvelles séquences protéiques, contrôle et correction des mises à jour, utilisation de programmes Perl/cgi et des SGBD Sybase et Mysql.
Analyse 2D des séquences d'anticorps monoclonaux à visée thérapeutique et des protéines de fusion provenant de INN/WHO.
Annotation des séquences protéiques: comparaison et alignement des séquences pour l’identification et caractérisation des chaînes, recherche et identification des gènes à l’aide des outils : BLAST, FASTA, ALIGN, détermination des liaisons chimiques entre résidus à l'aide des outils : STRIDE et analyse des contacts interatomiques.
Supervision et contrôle de l’annotation automatique des séquences protéiques (Perl).
Intégration des annotations dans les tables de la base de données IMGT/3Dstructure-DB, à l’aide de programmes Perl.
Développement et maintenance de la base de données IMGT/Primer-DB fournissant une information standardisée sur les oligonucléotides ou primers des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T.
Création et implémentation d’outils (bio)informatiques : Automatisation tâches, interfaces Web de consultation, outils d’alignements de séquences, BLAST.

Développement d’une gamme de progiciels et de services informatiques à destination des laboratoires d’analyses médicales.
Développement de CLARILAB, système de gestion de laboratoires (SGL) 100% Linux réalisé en étroite collaboration avec des biologistes.
Utilisation de Qt, bibliothèque logicielle orientée objet développé en C++ (interface graphique QtDesigner, accès aux données, connexions réseaux, XML, langage Python) – Tests logiciels.

Médiapost, spécialiste de la publicité en boîte à lettres.
Développement d'applications L4G (Powerbuilder), de scripts shells et de scripts sql dans le cadre des tournées postales et de l'affectation d'agents.