Pascal Muller

NovAliX est une société de services spécialisée dans la chimie médicinale, la cristallographie des protéines, la modélisation moléculaire et des techniques biophysiques (ESI-MS, RMN - liquide ou solide, SPR), particulièrement adaptées au drug discovery.

Je suis responsable de la modélisation moléculaire (CADD). Je détermine in silico des ligands ou des fragments d'intérêt (criblages virtuels structure-based ou ligand-based). Typiquement, les ligands que je propose (~70-100) sont d'abord testés par ESI-MS puis les hits (~10%) sont cocristallisés.
Je participe à l'optimisation des ligands en collaboration étroite avec les chimistes et les biologistes, procure un support pour les différentes séries chimiques et j'analyse les relations structure-activité.

http://www.novalix.com
http://www.nmrtec.com
http://www.phytodia.com

En tant que membre actif de l'Addal, l'Association des Doctorants et Docteurs d'Alsace ( http://addal.u-strasbg.fr ), j'ai notamment été :
- Président du Comité d'Organisation de la 5e conférence annuelle d'Eurodoc, la fédération européenne des jeunes chercheurs ( http://www.eurodoc.net ), qui a accueilli plus d'une centaine de participants, de 20 nationalités, du 10 au 13 mars 2005. Budget : 40000 euros. Cette conférence a été coorganisée par la Confédération des Jeunes Chercheurs (CJC) et par son homologue allemand, Thesis e.V., en partenariat avec le bureau d'Eurodoc. Les capacités de travail en anglais (interactions avec des personnes allemandes, italienne, grecque, hollandaise...), en ligne et à distance se sont révélées indispensables.
- Président de la commission com&média (2005/06), qui travaille à la communication de l'Addal et réalise des publications.

Je suis également soutenu par l'Addal en tant que :
- membre élu au Conseil Scientifique de l'Université Louis Pasteur (collège des personnels enseignants non titulaires d'un doctorat) (2005/06)
- membre élu au Conseil d'Administration de l'Ecole Doctorale Vie et Santé (2005/06).

J'ai été moniteur en Travaux Pratiques de Chimie Organique de 2e année de pharmacie (96h/an).
Cela implique l'encadrement (hygiène et sécurité, bonnes pratiques de laboratoire) et l'évaluation des étudiants (2 groupes de 25), ainsi que participer à la gestion des stocks de produits chimiques.

J'ai également encadré 4 groupes de 2 étudiants de 2e année afin de les initier à la technique du poster, sur un sujet original.

J'ai été allocataire-moniteur sous la direction du Dr Didier Rognan (Laboratoire de pharmacochimie UMR CNRS-ULP à la faculté de pharmacie, Université Louis Pasteur, Strasbourg - Equipe Bioinformatique du médicament http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr )

Domaine de recherche :
Conception de médicaments in silico (drug design, CADD)

J'ai déterminé in silico des molécules d'intérêt thérapeutique et les ai optimisées. La technologie développée et validée (le criblage virtuel inverse) et aujourd'hui utilisée par la société Idealp Pharma, permet de faire de proposer un profil de sélectivté pour la molécule étudiée ("ligand profiling"). J'ai construit et géré une librairie de protéines-cibles avec leur ligand. Lors de ces travaux, j'ai collaboré avec des chimistes.

Compétences en modélisation et chémoinformatique :
Environnements de travail : Unix, Linux, Windows
Docking (logiciels Gold, Glide, FlexX), criblage virtuel, interactions protéines-ligand
Modélisation moléculaire (Sybyl)
Analyse de fichier PDB
Programmation en langage perl

Publications :
* Guichard G, Léna G, Boeglin J, Muller P, Boilard E, Lambeau G, Rognan D, Didierjean C. (2009) 1,3,5-Triazepan-2,6-diones as conformationally constrained dipeptide mimetics. In silico guided identification of sPLA2 inhibitors. Adv Exp Med Biol. 2009;611:201-2
* Muller P, Lena G, Boilard E, Bezzine S, Lambeau G, Guichard G, Rognan D. (2006) In Silico-Guided Target Identification of a Scaffold-Focused Library: 1,3,5-Triazepan-2,6-diones as Novel Phospholipase A2 Inhibitors. J. Med. Chem., 49:6768-78.
* Kellenberger E, Muller P, Schalon C, Bret G, Foata N, Rognan D. (2006) Sc-PDB: an annotated database of Druggable Binding Sites from the Protein Data Bank. J. Chem. Inf. Model., 46:717-27.
* Kellenberger E, Rodrigo J, Muller P, Rognan D. (2004)
Comparative evaluation of eight docking tools for docking and virtual screening accuracy. Proteins, 57:225-42.
* Paul N, Kellenberger E, Bret G, Muller P, Rognan D. (2004) Recovering the true targets of specific ligands by virtual screening of the protein data bank. Proteins, 54:671-80.

Brevet :
Guichard G, Léna G, Muller P, Rognan D, Boilard E, Lambeau G. (2006) Compositions and methods for the inhibition of phospholipase A2. Patent WO2007074169, ImmuPharma.

Thèses :
* Comparaison de trois nouveaux logiciels de docking dans le cadre du criblage virtuel, mémoire de diplôme d’état de Docteur en Pharmacie, 2002
* Criblage virtuel inverse : validation et applications, thèse de doctorat en sciences pharmaceutiques, 2006

Communication :
Muller, P., Lena, G., Bezzine, S., Boilard, E., Lazdunski, M., Lambeau, G., Guichard, G. and Rognan, D. In silico-guided target identification for a new molecular scaffold.
(2005) First German Conference on Chemoinformatics, 19. CIC-Workshop, Goslar, Germany.
(2006) Workshop Chemoinformatics in Europe : research and Teaching, Obernai, France. Prix “J. Gasteiger” du meilleur poster.

Job étudiant, tous les samedi.
Une tournée de 240 km pour livrer les médicaments dans les pharmacies, avant leur ouverture.
Puis des responsabilités de chef de quai (contrôle des commandes, préparation des caisses pour le lundi, respect de la chaîne du froid) pour terminer la journée :)

Documentation des effets indésirables et recherche bibliographique. Suivi des dossiers, contacts avec des médecins.

Pharmacie de l'Etablissement Public de Santé Alsace-Nord (EPSAN), à Hoerdt.
Fonctions de préparateur (2 mois) : préparation des ordonnances, gestion du stock de médicaments.

Job d'été (un mois), ou comment rendre des studios fraîchement construits et peints au pistolet (y compris les vitres) comme ils devraient être : neufs !

Job d'été (un mois en 1996, et un mois en 1997), au département Boucherie-Charcuterie (production) de la COOP (chaîne alsacienne de supermarchés). Merguez, Knack et saucisse de foie n'ont plus de secrets pour moi :)

Mon premier job d'été (un mois), au service Propreté de la Communauté Urbaine de Strasbourg : éboueur. Mémorable !