Sandrine PERROTTO

Projet:
Développement du candidat médicament orphelin " Meveol " pour le traitement des infections respiratoires dans le cadre de la mucoviscidose.

Missions:
- création et gestion du laboratoire
- développement de tests in vitro (microbiologie)
- gestion et développement des collaborations scientifiques
- élaboration de protocoles et rapports d'études

JANVIER 2012: Le groupe pharmaceutique suisse Stragen et la start-up lyonnaise Alaxia viennent de sceller les termes d’une collaboration qui va accompagner le développement du candidat médicament Meveol® jusqu’à sa mise sur le marché.

Voir le communiqué de presse :
http://www.alaxia-pharma.eu/sites/default/files...

Propositions de stages et candidatures:
www.alaxia-pharma.eu
stage@bioalaxia.eu

Formations Cours Diderot :
- préparations aux concours paramédicaux (kinésithérapeute, ergothérapeute, infirmière, orthophoniste, assistant de service social, auxiliaire de puériculture, aide soignant, ...)
- BTS (Gestion et Protection de la Nature, Commerce International, Diététique et Tourisme)

Missions :
- gestion pédagogique (400 élèves), sélection des dossiers d’inscription
- recrutement (enseignants, équipe administrative, surveillants, personnel d’entretien)
- management d’équipe (34 enseignants, 2 assistants administratifs, 10 surveillants/agents d’entretien)
- suivi des progressions pédagogiques
- gestion des plannings
- communication et commercialisation des formations (salons, journées portes ouvertes)
- logistique et sécurité des locaux

Projet de recherche :
Réponses adaptatives des microorganismes eucaryotes du sol aux pollutions métalliques

Missions :
- réalisation des expérimentations,
- traitement des données (microbiologie, biochimie, biologie moléculaire),
- encadrement de stagiaires

Compétences techniques développées :
transformation de levures, préparation de cellules chimio-compétentes, extractions (ADN, ARN),PCR, RT-PCR, clonage.


Lehembre F., Perrotto S., Fraissinet-Tachet L., David E., Doillon D., Blaudez D., Colpaert J., Chalot M., Marmeisse R. The metatranscriptome of eukaryotic microorganisms in heavy-metal polluted soils. 3rd Congress of European Microbiologists FEMS. Sweden June 28 - July 2, 2009

Projet:
préparer les étudiants aux concours de médecine (biochimie et biologie cellulaire)

Missions:
- créer les exercices hebdomadaires
- créer les concours blancs et préparer des corrections détaillées
- enseignements hebdomadaires

Projet de recherche :
Un outil performant pour l’extraction de microorganismes à partir d’environnements complexes: l’immunopiégeage avec des nanoparticules magnétiques

Missions :
- réalisation des expérimentations
- enseignements biochimie et microbiologie(cours magistraux et TP)

Compétences techniques développées :
- manipulation de microcosmes de sol (gestion du taux d’humidité du sol, inoculation de souches, aération des microcosmes, extraction des bactéries à partir de ces microcosmes,….
- techniques de dénombrement de bactéries (acridine orange, immunofluorescence indirecte), immunopiégeage avec des nanoparticules magnétiques.

S. Perrotto, A. Rancon, P. Potier, S. Roux, R. Bazzi , M-C. Boyer, A. Richaume. Un outil performant pour l’extraction de microorganismes à partir d’environnements complexes : l’immunopiégeage avec des nanoparticules magnétiques. 4ème Congrès de l’AFEM. Ecully: 30 Août – 2 Septembre 2009. Poster primé (3ème prix)

Projet de recherche :
Ecophysiologie des bactéries nitrite-oxydantes du genre Nitrobacter : Etude des potentialités métaboliques conditionnées par des variations trophiques du milieu

Missions :
- réalisation des expérimentations
- traitement des données et rédaction de rapports scientifiques
- veille bibliographique
- encadrement de stagiaires

Compétences techniques développées :
Microbiologie
- Cultures de microorganismes (préparation des milieux de culture, optimisation des conditions de croissance, travail en conditions stériles, techniques de dénombrement)
- Préparation de bactéries chimio-compétentes,
- Microscopie (photonique, à épifluorescence, notions de microscopie confocale et électronique)

Biochimie / Biologie moléculaire
- Extraction et dosage de protéines, protéomique (SDS-PAGE 1D et 2D, analyse en spectrométrie de masse de type Maldi-tof), western blot, extraction organique, chromatographie en couche mince
- Extraction d’acides nucléiques à partir de cultures pures de microorganismes, PCR, RT-PCR, clonage de gènes, analyse de génomes séquencés

Bioinformatique
ProteomWeaver (BioRad), PD-QUEST (Biorad), pDRAW32, clustalX, BLAST, utilisation de bases de données (Mascot, Swiss-prot, PubMed, NCBI)



Le laboratoire UMR 5557 Ecologie Microbienne:
www.ecomicro.univ-lyon1.fr
"L'Unité Mixte de Recherche 5557 a pour intitulé et pour thème de recherche l'écologie microbienne, discipline située au carrefour de deux grands champs de recherche : l'écologie et la microbiologie. Cela lui permet de regrouper des enseignant-chercheurs et chercheurs provenant de divers établissements : CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), Université Claude Bernard Lyon 1, l'IRD (Institut de Recherche pour le Développement) et l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). Et de faire partie, en autres, de la Fédération de la Recherche Sciences et Methodes de l'Ecologie et de l'Evolution (FR CNRS 41).
L'écologie microbienne a pour objectifs de connaitre la physiologie des microorganismes et l'influence de leurs activités sur les autres organismes et sur l'environnement en général, et, de façon symétrique , de préciser l'impact des facteurs biotiques et abiotiques du milieu sur ces microorganismes, de l'échelle individuelle aux communautés présentes dans un écosystème. Travaillant sur quelques fonctions-clés pour le fonctionnement de l’écosystème global comme la dénitrification ou la fixation d’azote, nous décrivons les populations microbiennes impliquées, leur diversité et leurs fluctuations, les effets de ces populations sur la fonction considérée et surtout, le rôle de ces fonctions dans l’avantage sélectif ("fitness").
A un autre niveau conceptuel, les outils que nous utilisons relèvent de la microbiologie, que celle-ci soit physiologique, génétique, taxonomique ou biochimique. Notre Unité se situe au carrefour de plusieurs champs de recherches, l'écologie microbienne étant un véritable domaine interdisciplinaire."

Ma mission au sein du laboratoire d'Ecologie Microbienne:
Mon projet de thèse s'inscrit parfaitement dans les objectifs de recherche du laboratoire puisqu'il consiste en l'étude de facteurs abiotiques sur une bactérie modèle clé du cycle de l'azote: Nitrobacter. Pour mener à bien ce projet, il m'a fallu améliorer mes compétences scientifiques et techniques dans divers domaines allant de la biochimie (analyses protéomiques) à l'écologie microbienne appliquée au sol.
La gestion de ce projet depuis 3 ans me permet de développer au quotidien mes compétences organisationnelles, mon sens de la communication via la création de collaborations internes ou externes au laboratoire,ainsi que mes capacités orales et rédactionnelles (en français comme en anglais).


M. Boyer, R. Bally, S. Perrotto, C. Chaintreuil and F. Wisniewski-Dyé (2008). A quorum-quenching approach to identify quorum-sensing-regulated functions in Azospirillum lipoferum. Research in Microbiology, Vol 159, pp 699-708.

laboratoire R & D biologie cellulaire BAYER CROPSCIENCE (stage 5 semaines): transformation du soja par biolistique - maître de stage : Bernard Pellissier

laboratoire laboratoire R & D immunoessais BIOMERIEUX (stage 1 mois): réalisation de tests rapides, recherche de marqueurs protéiques - maître de stage : Marc Leportier

CDI temps partiel pendant mes études.
Pendant ces 4 années j'ai appris à développer mon esprit d'équipe, mon sens du service pour le client, ma rigueur (indispensable en caisse). J'ai apprécié le contact avec la clientèle, le travail d'équipe.