Stéphane Schicklin

Equipe du Dr. J. Marvel :

Travail au sein du projet PLATINE (labellisé Lyon Biopôle) qui a pour vocation d’identifier, développer et valider des biomarqueurs d’efficacité et de sécurité pour de nouvelles molécules thérapeutiques, en particulier immunomodulatrices dans le domaine de l’oncologie, l’onco-hématologie et l’infectiologie.
Collaborateurs : Innate Pharma, Transgene SA, ImmunID & Centre Léon Bérard (équipe du Dr. C. Caux)

- Responsable de l'analyse à grande échelle de données biologiques issues de microarray dans le but d'identifier des biomarqueurs candidats dans des modèles de mémoire immunitaire :
* Design expérimental
* Meta-analyse de données d'expression publiques et locales
* Design de base de données et d'outils pour l'exploitation des données

- Veille technologique et scientifique

Mission à la direction du développement au sein d'un projet pour Orange :
- Administration de systèmes UNIX AIX Nominaux et Secours (pour des environnements de développement, de support, de recette et de production)
- Intégration logicielle pour un applicatif gérant toute l'offre prépayée de l'opérateur téléphonique (environ 25 millions de comptes)
- Développement et maintenance d'un C.M.S. propriétaire
- Administration de base de données Sybase et MySQL
- Administration CVS
- Rédaction de documents : spécifications fonctionnelles détaillées, manuels utilisateurs, etc.
- Animation de réunions
- Support occasionnel au développement et à la mise en production
(Unix AIX, ksh, bash, Sybase, MySQL, CVS, PHP, Perl, C)

Travail réalisé au sein de l'équipe « Bases Moléculaires de l'Auto-renouvellement et de ses Altérations » dirigée par le Dr. O. Gandrillon :

Décembre 2006 à juin 2007 :
Mise en place d'une chaîne de traitement automatisée pour la recherche et l'analyse de sites de fixation de facteurs de transcription (TFBS) : utilisation d'un algorithme basé sur l'existence de gènes différentiels (algorithme originale de recherche de motifs fréquents, LIRIS, INSA Lyon) et d'une banque de données internationale sur les facteurs de transcription. (Perl, bioPerl, Shell, MySQL, R, Marguerite, Transfac®)

publication : Mitasiunaite I, Rigotti C, Schicklin S, Meyniel L, Boulicaut JF, Gandrillon O. Extracting signature motifs from promoter sets of differentially expressed genes. In Silico Biol. 2009; 9(1-2): S17-39 [ http://www.bioinfo.de/isb/2008/08/0043/ ]

puis, jusqu'à mars 2008 :
Développement de l'outil SQUAT, un outil Web permettant la fouille de données issues de la technique de transcriptomique SAGE ( http://bsmc.insa-lyon.fr/squat/login.php ) : mise en place d'une base de données sur les transcrits des génomes humain, murin et aviaire et d'outils de recherche de séquences promotrices de gènes co-exprimés (Perl, CGI, bioPerl, PHP, MySQL, AJAX, Ensembl, DBTSS, RefSeq, Blat)

publication : Leyritz J, Schicklin S, Blachon S, Keime C, Robardet C, Boulicaut JF, Besson J, Pensa RG, Gandrillon O. SQUAT: A web tool to mine human, murine and avian SAGE data. BMC Bioinformatics. 2008 Sep 18; 9: 378 [ http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.... ]

Mise en place d'indicateurs de consommation d'espace disque local et distant (baies de disques EMC² contenant plusieurs centaines de Tera octets en réseau SAN) pour une meilleure gestion d'un parc de 150 machines UNIX, Snecma, service informatique « systèmes serveurs et stockage » (réseau SAN, UNIX IBM AIX et Sun Solaris, Perl, DBI, CGI, Shell, HTML, Oracle et outils de gestion propriétaires EMC²)

Stage de deux mois : Localisation de la protéine spastine, impliquée dans les paraplégies spastiques héréditaires et conséquences de son altération dans la lignée cellulaire NSC-34 (mise au point des conditions de culture cellulaire et de (co)transfection de plasmides pour la surexpression de la protéine, immunoprécipitations, western Blot, marquages par anticorps et observations au microscope optique (63x))

Stage de deux mois : Étude de la protéine CD43 intervenant dans l'apoptose des polynucléaires neutrophiles (isolements de cellules sanguines par gradient de densité, électrophorèses sur gradients de polyacrylamide, western Blot)

Stage de trois mois : Réalisation d'un tableau synoptique destiné à informer les médecins généralistes sur l'utilisation d'analyses spécifiques des protéines de la phase inflammatoire pour le dépistage de gammapathies monoclonales, participation à la mise en place de procédures génériques en vue de l'accréditation du laboratoire, participation aux analyses quotidiennes (électrophorèses de plasma sanguin, dosages de protéines par tests Elisa, participation à la rédaction de manuels utilisateurs, etc.)