Laurent BARNAVON

En résumé

Entreprises

• Education Nationale - PES

  2015 - maintenant

• Société Coopérative Agricole Le Chai de Cilaos - œnologue

  2012 - 2014 Vinifications
  Elevage
  Mise en bouteille
  Commercialisation
  Approvisionnement
  Communication
  R&D

• Inter Rhône - Responsable scientifique

  2009 - 2011 élaboration puis gestion d’un projet européen sur les amines biogènes (FP7). Développement et validation de méthodes (amines biogènes et pesticides), proposition de méthodes à l’OIV (détection de Brettanomyces par qPCR et quantification des tanins par phloroglucinolyse HPLC-DAD) et rédaction d’un guide de bonnes pratiques pour limiter Brettanomyces dans les vins (groupe de travail OIV), élaboration de projets ANR et FUI (collaboration avec les pôles de compétitivité), participation à la création d’un pôle régional d’analyse des produits phytopharmaceutiques (SBSE-GC/MS puis LC/MS/MS). Implication dans le comité de pilotage d’une thèse (Brettanomyces Viable Non Cultivable). Projet Européen BIAMFOOD : ce projet a pour objectif de limiter les amines biogènes dans les produits fermentés en particulier le vin. Validation d’une méthode d’analyse des amines biogènes, méthode multiplex afin de déterminer les souches productrices d’amines biogènes, conditions de production des amines biogènes en vinifications, test d’inhibiteurs de la production d’amines biogènes. Gestion administrative et scientifique du projet.

• Inter Rhône - Responsable laboratoires

  2007 - 2008 Responsable laboratoires (Février 2007 – décembre 2008) : Gestion et management d’une équipe de 14 personnes (domaines de l’analyse fine [contaminants, arômes, couleur par chromatographie], microbiologie et œnologie). Suite à ma prise de fonction, j’ai assuré la gestion du projet européen FLAVO (scientifique, budgétaire) ainsi que du personnel dédié à ce projet (post-doctorant, ingénieurs, techniciens, stagiaires). Gestion de projets régionaux et implication dans le comité de pilotage d’une thèse Vin et Santé (élaboration de vins enrichis en flavonoïdes afin d’étudier l’effet antioxydant sur cellules, modèles animaux et dans le cadre d’études cliniques). Développement et validation de méthodes (chromatographiques comme par l’exemple l’analyse des tanins par phloroglucinolyse et des résidus de produits phytosanitaires par SBSE-GC/MS ; et moléculaires : détection de Brettanomyces par qPCR) : selon la norme NF V03-110 ou la résolution œno 10/2005 (OIV).

• Inter-Rhône - Chargé d’études

  AVIGNON 2005 - 2007 Chargé d’études (Mars 2005- Janvier 2007) : gestion du projet européen FLAVO (FP6), gestion d’un projet régional (fractionnement des vins et adsorption des phénols volatils) et implication dans un projet de thèse Vin et Santé. Développement et validation de méthodes. Projet Européen FLAVO : ce projet avait pour objectif d’élaborer des vins naturellement riches en flavonoïdes, en particulier en tanins. Plusieurs techniques de vinifications ont été évaluées en parallèle selon un plan d’expérience. Une technique d’analyse des tanins (phloroglucinolyse par HPLC-FD-DAD) a été optimisée puis validée selon la norme NF V03-110. L’impact des conditions environnementales (pédoclimatiques, conduite de la vigne, cépage) ont également été étudiées. Des études consommateurs (quantitatives et qualitatives) ont été réalisées afin d’évaluer l’acceptation par les consommateurs des vins ainsi élaborés d’un point de vue hédonique et selon leurs us et coutumes (aspect sociétal : focus group).

• Université de Dijon - Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche (ATER)

  2003 - 2005 Septembre 2003 - Mars 2005 :
  Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche à l’Université de Dijon. Discipline : microbiologie et biochimie (Licence, Master). Responsables : Pr A. Pugin, Dr D. Wendéhenne.
  Activité de Recherche (INRA Dijon) : Rôle de l’oxyde nitrique (NO) dans les réactions de défense des plantes.
  En parallèle des activités d’enseignement en microbiologie et biochimie, j’ai été accueilli dans l’équipe du Professeur A. Pugin pour participer à la thématique de recherche animée par D. Wendehenne : « implication de l’oxyde nitrique (NO, ou monoxyde d’azote) dans les réponses de défense de la plante ». Le projet global de l’équipe vise à étudier les cascades de phosphorylation à l’échelle cellulaire. Les cellules de tabac (Nicotiana tabacum cv. Xanthi) ont été retenues comme modèle. Elles sont élicitées par la cryptogéine, un peptide de 10 kDa isolé d’un oomycète, Phytophtora cryptogea. Cet éliciteur permet la mise en place d’une cascade d’événements comme l’activation de gènes de résistance, la production de formes actives de l’oxygène, le flux d’ions, l’activation de kinases et de la phosphorylation de protéines, la synthèse de NO… En particulier, à l’aide d’un agent piégeur de NO, le rôle du monoxyde d’azote dans la transduction du signal en réponse à la cryptogéine est étudié.
  Deux approches ont été menées en parallèle. Dans un premier temps, le sujet a été abordé par une approche protéomique mettant en œuvre des activités kinases en gel et des phosphorylations in vivo sur gels d’électrophorèse bidimensionnelle. Ces techniques ont fait l’objet de mises au point et ont permis l’obtention de profils reproductibles. Ainsi, les protéines phosphorylées peuvent être séquencées. La seconde approche, l’approche génomique, consiste quant à elle, à construire une banque soustractive dans les conditions citées ci-dessus de façon à étudier la régulation fine de la transduction du signal par le monoxyde d’azote. Les étapes préliminaires ont permis d’isoler des ARN de bonne qualité et ont conduit à l’isolement d’un marqueur permettant le suivi du bon déroulement de la banque soustractive. La banque a été réalisée mais n’a pu être criblée avant mon départ de Dijon.

• Université de Neuchâtel (Suisse) - Collaborateur scientifique et assistant d’enseignement

  2001 - 2003 Septembre 2001- Août 2003 :
  Collaborateur scientifique et assistant d’enseignement à l’Université de Neuchâtel, Laboratoire de Biochimie, Neuchâtel, Suisse. Responsable : Pr J.-M. Neuhaus.
  Sujet : Etude des mécanismes de défense de la vigne vis-à-vis du mildiou (Plasmopara viticola).
  Le raisin représente la culture fruitière la plus cultivée dans le monde, et il est très sensible à des maladies d’origine virales, bactériennes et fongiques. Afin d’éviter de nombreuses pertes, l’agriculture a recourt à l’utilisation de nombreux agents phytosanitaires qui génèrent des effets non négligeables sur le développement de la vigne elle-même, mais aussi sur le viticulteur, sur le consommateur (résidus), sur l’environnement et sur la génération de phénomènes de résistance. Le modèle d’étude vigne-mildiou a été choisi afin de mieux comprendre les mécanismes de résistance. Nous disposons pour cela d’un cépage susceptible (Chasselas) et d’un cépage résistant (Solaris). Afin d’identifier les gènes impliqués dans la résistance de la vigne au mildiou, nous avons tout d’abord :
  - mis au point un système de cultures in vitro afin de s’affranchir des contraintes climatiques et d’éventuelles contaminations par d’autres microorganismes,
  - mené des essais afin d’isoler une culture pure de mildiou (Plasmopara viticola). En effet, étant donné que P. viticola est un oomycète (Stramenopila), c’est à dire un parasite obligatoire, sa culture est relativement malaisée. Ainsi, les bases d’un système d’infection de la vigne par une culture pure de mildiou ont été posées, afin d’étudier les mécanismes de défense de la vigne.
  Au niveau moléculaire, deux stratégies ont été mises en œuvre :
  - étant donné que très peu de séquences de vigne avaient été décrites jusqu’alors, la première stratégie consistait à isoler des gènes de la vigne similaires à des gènes végétaux connus pour leur implication dans les mécanismes de défense des plantes. Ainsi, après avoir criblées puis adaptées plusieurs techniques d’extraction d’ARN totaux de vigne, des amorces PCR « dégénérées » ont été dessinées dans l’objectif de produire une « première génération » de microarrays. Cette stratégie a abouti au clonage de 265 séquences présumées impliquées dans les mécanismes de défense de la vigne, ces séquences ont été publiées dans la banque de données GeneBank [CF074508 à CF074755 et CF589266 à CF589278 Barnavon, L., Hamiduzzaman, M., Mauch-Mani, B. and Neuhaus, J.-M. (2003)], et ont été intégrées à une puce à ADN de vigne du consortium international IGGP (International Grape Genome Project).
  - La seconde stratégie n’a été que partiellement réalisée : elle consistait à élaborer des banques d’ADNc soustractives (à l’aide de vignes infectées ou non, du cépage résistant et du cépage susceptible) et/ou de banques ordonnées. Une fois à disposition, ce matériel devait être imprimé sur lame et représenter la « deuxième génération » de microarrays, mais pourrait également être l’objet d’un séquençage EST de clones au hasard.

• Université de Southampton, Royaume-Uni - Post-doctorant

  2000 - 2001 Février 2000 – Août 2001 :
  Stage post-doctoral à l’Université de Southampton, School of Biological Sciences (Cell Sciences Department, Plant Biochemistry Division), Royaume-Uni. Responsable : Dr M. Barber.
  Sujet : Purification et caractérisation d’une isomérase de pois (Pisum sativum) impliquée dans la biosynthèse des coumarines.
  Le sujet de ce premier emploi post-doctoral concernait l’étude d’une enzyme intervenant dans la biosynthèse des coumarines (métabolites secondaires végétaux, et en particulier l’umbelliférone) chez le pois (Pisum sativum) . Les coumarines présentent de nombreuses applications dans le domaine médical et dans la protection des cultures par leurs propriétés anticoagulantes, antibiotiques et anti-nutritionnelles.
  Lors des quatre dernières décennies, la dernière étape de biosynthèse de l’umbelliférone a été décrite comme étant purement photochimique (photo-isomérisation). En effet à partir du précurseur de l’umbelliférone (acide trans-2,4-dihydroxycinnamique ou trans-2,4-DCA), la lumière serait responsable de l’isomérisation du trans-2,4-DCA en forme cis. La lactonisation aurait alors lieu de manière spontanée et résulterait en la production de l’umbelliférone. Avec le Dr Mark S. Barber (Southampton), nous avons montré que l’étape 1 (isomérisation) était catalysée par une (des) enzyme(s), la trans-cis isomérase (catalyse à l’obscurité, absence de synthèse après ébullition des extraits bruts).
  Afin de montrer que la lumière n’était pas le seul facteur intervenant dans la synthèse de l’umbelliférone, les pois ont été cultivés à l’obscurité (pois étiolés). Suite à la mise au point du protocole d’extraction des coumarines, la teneur en umbelliférone a été mesurée par chromatographie liquide en phase inverse. Après s’être assuré que l’umbelliférone ainsi détectée n’était pas attribuable à l’hydrolyse de précurseurs glycosylés, la quantité d’umbelliférone s’est avérée environ 5,2 fois plus concentrée chez un pois étiolé de 18 jours que dans une graine de pois. Ces travaux nous ont donc permis de suggérer la possible implication d’une enzyme dans l’isomérisation du trans-2,4-DCA en cis-2,4-DCA, et ce, en absence de lumière.
  Dans l’optique de la caractérisation de l’activité enzymatique d’intérêt, le trans-2,4-DCA a été synthétisé par voie chimique au laboratoire puisqu’il n’était pas disponible commercialement. Après la mise au point du dosage de l’activité enzymatique, les premiers résultats ont montré les caractéristiques suivantes :
  - l’activité enzymatique des parties aériennes est prépondérante sur celle des racines
  - certains cofacteurs ont un effet activateur (Mn2+ et Co2+), alors que le Cu2+ est inhibiteur
  - le pH optimal de l’enzyme est voisin de 7.

• I.N.R.A. Montpellier - Doctorant

  1996 - 1999 Décembre 1996 - Décembre 1999 :
  Doctorat à l’Institut des Produits de la Vigne (I.P.V.), Unité de Recherches Biopolymères et Arômes (UR-BA, section « Polysaccharides »), I.N.R.A. Montpellier, France. Responsables : Dr M. Moutounet (Directeur de thèse), Dr P. Pellerin et Dr T. Doco.
  Sujet : Étude d’enzymes et de l’expression des gènes correspondants impliqués dans l’évolution des polysaccharides pariétaux au cours du développement de la baie de raisin.
  La maturité de la baie de raisin conditionne la qualité de la vendange et son aptitude à être transformée. Les parois cellulaires du péricarpe de la baie sont responsables de la structure et de la fermeté, leur évolution étant impliquée dans le ramollissement et la maturation. Des baies ont été prélevées à douze stades de développement depuis la période herbacé jusqu’à la maturité technologique afin de caractériser l’évolution de l’état physiologique des parois. La baie d’Ugni blanc suit une courbe de croissance en double sigmoïde classique et elle est caractérisée par une accumulation de matériel pariétal néo-synthétisé quasi continue. Concernant les parois, le développement de la baie est caractérisé par une diminution importante de galactose et du degré de méthylestérification (DM). Les enzymes potentiellement responsables des modifications pariétales observées, ainsi que leur activité transcriptionnelle ont été étudiées. Un clone de pectine méthylestérase (PME) a été identifié comme un marqueur précoce du ramollissement. Les activités transcriptionnelle et enzymatique de ce clone ont été corrélées à la diminution du DM des pectines pariétales, suggérant un rôle de la PME dans l’élongation et/ou la structure des parois. Le galactose pariétal, originaire des chaînes latérales des pectines, diminue en accord avec l’augmentation concomitante de l’activité ß-galactosidase. Le transcrit codant pour cette enzyme est spécifiquement exprimé lors de la phase herbacée. La caractérisation moléculaire et enzymatique de la polygalacturonase (PG) semble indiquer qu’elle ne participe pas directement à la maturation. Ces travaux ont conduit à l’isolement de clones spécifiques de périodes clefs du développement de la baie de raisin. Cette étude a également permis de suggérer que la baie de raisin était un modèle original pour la compréhension du développement des fruits, puisque la maturation semble indépendante de la PG.

Formations

Pas de formation renseignée

Réseau

• Amélie HENNION-IMBAULT

• Anne FORGEAT

• Antoine JAMET

• Dominique DROGER

• Jessica DRINKINE-MAGNEUX

• Patrice BEDIN

• Philippe VERDIERE

• Regis ALIOT

• Stéphanie REICHERT-BEGRAND

• Thierry PHILIPPE