Christophe LEPLAT

En résumé

Entreprises

• Lesaffre - Cadre de Recherche Génie Métabolique

  Marcq-en-Barœul 2016 - 2016 Valorisation et amélioration de probiotiques et de levures utilisées en panification

• INRA AgroParisTech - Chargé de Recherche Biocarburant Bioplastiques

  2013 - 2016 Techniques courantes de biologie moléculaire chez une levure oléagineuse (système Gateway, PCR, clonage, surexpression et délétion de gènes)
  Expression hétérologue
  Ingénierie métabolique
  Caractérisation de souches
  HPLC, GC, FPLC
  Orfeome
  Miniaturisation et Haut débit
  RNAseq
  Fermentation (bioréacteurs 2 à 5L)
  Protéines recombinantes
  ...

• Commissariat à l'Energie Atomique - Chargé de Recherche Bioénergie

  2011 - 2013 1- Implication dans le développement, la caractérisation et l'amélioration de souches cyanobactériennes (microorganisme bactérien photoautotrophe appelé également algue bleue verte) pour produire différentes molécules d'intérêt dont : de l'hydrogène et du bioéthanol.
  2- Isolement et caractérisation de microalgues.
  3- Développement d'outils génétiques.
  4- Séquençage
  5- Développement d'une nouvelle plateforme transcriptomique utilisant la technologie agilent avec l'élaboration des cartes métaboliques adaptées au modèle d'étude.
  6- Développement d'outils pour réaliser de la PCR quantitative (ou PCR en temps réel).
  7- Biochimie (expression, extraction et purification de protéines recombinantes) et notions en FPLC, enzymologie, modification de protéines et de leur activités, gel shift...
  8- Dosage de métabolites (utilisation de kits) et notions d'analyse en HPLC.
  8- Congrès nationaux et internationaux.
  9- Présentation régulière des travaux menés.
  10- Superviseur d'étudiants (ingénieurs agronomes, master microbiologie et thésard...) et de techniciens de laboratoire.

• CNRS Institut de Génétique et Microbiologie - Ingénieur de Recherche ; Doctorant

  2006 - 2010 Etude et caractérisation d'une Archaea radiorésistante, hyperthermophile et anaérobie stricte par des approches phénotypiques, physiologiques et par des approches globales (génomique, transcriptomique, protéomique....).
  Autres méthodologies utilisées :
  1- Survie cellulaire face aux rayonnements ionisants et aux particules.
  2- Cytotoxicité (milieu oxydé et effet de molécules inorganiques).
  3- Extraction d'ADN génomique par lyse douce permettant d'avoir un génome intact ( génome sans cassure d'ADN double brin de plusieurs mégabases).
  4- Electrophorèse en Champ Pulsé (PFGE).
  5- Manipulation en chambre anaérobie (COY) et à haute température (température de croissance comprise entre 80 et 90°C) et isolement de microorganismes archéens.
  6- Microscopie électronique, déconvolution...
  7- BLAST, comparaison de séquences, phylogénie, identification de protéines d'intérêts et caractérisation...
  8- Mise au point de conditions de croissance archéenne.
  9- Détermination des voies métaboliques existant chez le microorganisme étudié (suite au séquençage et à l'annotation du génome du microorganisme et de tests phénotypiques)
  10- Dénombrement cellulaire en cellule de Thoma et de Malassez.
  11- Dénombrement cellulaire sur milieu semi-solide d'organismes hyperthermophiles anaérobies (remplacement de l'agar par du gelrite et utilisation d'azote et d'H2S)
  12- Séquençage de fragments d'ADN d'intérêt (500 à 600pb maximum)
  (Bourse MRT; Ecole Doctorale GGC)

• CNRS Institut de Génétique et Microbiologie - Stage de Recherche M2

  2005 - 2005 Etude du rôle d'un régulateur transcriptionnel (Hap4) chez la levure Saccharomyces cerevisae :
  1- Culture de levures.
  2- Test de cytotoxicité.
  2- Transcriptomique (Extraction des ARN totaux chez la levure jusqu'à obtention des données de dérégulation génique).
  3- Analyse et interprétation des résultats.
  4- Présentation hebdomadaire des travaux réalisés et travail en équipe.

• CNRS Institut de Génétique et Microbiologie - Stage Bénévole

  2005 - 2005 Développement d'outils génétiques pour déléter des gènes d'intérêts chez une archaea hyperthermophile par des approches d'auxotrophie. Approche réalisée par :
  1- Inactivation d'une voie de biosynthèse d'un acide aminé donné chez le microorganisme d'intérêt.
  2- Développement d'outils génétiques pour déléter un gène d'intérêt en réintégrant par recombinaison homologue le gène nécessaire à la synthèse de l'acide aminé initialement inactivé (associé à son promoteur).

• CNRS Institut André Lwoff - Technicien de laboratoire

  2003 - 2003 Etude du rôle de la protéine Prions dans l'homéostasie des fonctions neuronales nécessitant :
  1- Culture de cellules sérotoninergiques et noradrénergiques
  2- Western blot; immunoblot
  3- Immunofluorescence sur lame (GFP pour localiser la protéine d'intérêt après stimulation des neurones par une molécule X)
  4- PCR et RT PCR
  

• INRA - Responsable Animalerie

  Paris 2002 - 2002 cf misson précédente en génétique des poissons

• INRA - Technicien de laboratoire

  Paris 2002 - 2002 cf mission précédente en génétique des poissons

• INRA - Technicien de laboratoire

  Paris 2001 - 2001 Etude de la fidélité de lignée transgénique de Medaka (petit poisson de rizière appelé également Oryzia latipes). Ce travail a eu pour but d'estimer les répercutions d'un re-largage non voulu de poissons génétiquement modifiés (notamment les truites ou les saumons ayant intégré le gène de l'hormone de croissance leur conférant un avantage conséquent face à un spécimen "sauvage")
  Ce travail m'a formé sur :
  1- L'accouplement des spécimens sélectionnés (lignées F1 puis F2 sur une étude d'environ un an)
  2- Le prélèvement de nageoires (sans blesser ni tuer l'animal)
  3- Le prélèvement quotidien des oeufs et éclosion des embryons
  4- Le suivie des spécimens
  5- L'observation visuelle de la transmission du gène d'intérêt (GFP intégré aléatoirement dans le génome du poisson par transgénèse)
  6- Digestion enzymatique de nageoires pour extraire l'ADN génomique.
  7- Détection du gène d'intérêt par PCR.
  8- Responsable de l'animalerie "poisson".
  
  

Formations

• Université Paris 11 Paris Sud

  Orsay 2005 - 2006 Parcours Génomique

• Université Paris 11 Paris Sud Master Recherche GCDE

  Orsay 2004 - 2005

• Université Paris 11 Paris Sud

  Orsay 2003 - 2004 License Biologie Cellulaire et Physiologie

• Lycée Vallee De Chevreuse

  Gif Sur Yvette 2002 - 2003 Marqueur et Typage Génétique
  
  Formation Complémentaire d'Initiative Locale (FCIL)

• Lycée Vallee De Chevreuse

  Gif Sur Yvette 2000 - 2002

Réseau

• Amélie THÉPOT-DURANTON

• Aude FOURÇANS

• Aurélien CHAMFORT

• Christian FERNANDEZ

• Christophe DELENDA

• François MANUEL

• Guillaume LENEZ

• Manuel BABOLAT

• Siphi-Chaya SAR

• Thibaud CHALMIN