Charles CHAPUS

En résumé

Entreprises

• IRBA(Institut de Recherche Biomédicale des Armées) - Antenne Marseille - Assistant de recherche, Agent sous Contrat

  2009 - maintenant Administration et Gestion de la Plateforme Bioinformatique/génomique de l'Institut. Analyse du transcriptome de l'homme en réponse au paludisme, la fièvre Q et la dengue.

• Harvard University - Postdoctoral Fellow, Teaching Fellow

  2005 - 2007 Dans le cadre de mon postdoctorat que j'effectue au Musée de Biologie Comparative d'Harvard, je suis intégré dans l'équipe de Scott Edwards au Department of Organismic and Evolutionary Biology - Ornithology.
  
  Mon travail dans le laboratoire du Professeur Edwards est centré sur la Génomique Comparative. Mon travaille consiste en une évaluation des relations à l'intérieur du groupe des Sauropsides (Reptile) et les changements structuraux de leurs génomes. J'utilise pour cela 2 librairies de BAC clones qui sont disponibles dans mon laboratoire (Alligator Mississipiensis et Chrysemys picta). Je compare les séquences d'extrémités de BAC de ces librairies au génome du Poulet (Gallus Gallus). Les extrémités de séquences de BAC sont en effet un outil très efficace pour déterminer d'éventuels changements structuraux entre espèces. Les Crocodiliens et les Tortues (représentés respectivement ici par l'Alligator d'Amérique et la Chrysémyde Peinte) sont à la base des Oiseaux. Le nombre attendu de changements structuraux devrait donc être relativement faible.
  Certains gènes de l'Alligator d'Amérique et de la Chrysémyde Peinte ont été découverts par ce biais.
  Les méthodes développées ont ensuite été utilisées sur un Oiseau, l'Emeu (Dromaius novaehollandia).
  Au cours de mon séjour dans le laboratoire de Scott Edwards, j'ai développé de nombreux scripts Python dans le cadre de projets communs avec mes collègues.
  
  Durant mon séjour à Harvard, j'ai aussi conduit un enseignement d'un semestre auprès "d'under graduate students" (3ème ou 4ème année) et de "graduate students". L'intitulé du cours était : "Molecular Ecology and Evolution"(course OEB 125). Le contenu du cours consistait à enseigner la Génomique, les bases de la phylogénie, quelques notions de bioinformatique et la génétique des populations. Mon travail au cours de cet enseignement consistait à préparer les devoirs, les examens, mais surtout à préparer et diriger les travaux dirigés hebdomadaires. Je devais aussi m'occuper du suivi des étudiants.

• Université Paris Diderot (Paris 7), INSERM - Chercheur Doctorant

  2001 - 2005 Doctorat réalisé dans l'unité U494 de l'INSERM (Laboratoire d'imagerie quantitative) puis dans le laboratoire U726 de l'INSERM (Equipe de Bioinformatique Génomique et Moléculaire).
  
  Travail sous la tutuelle de Patrick Deschavanne
  
  Titre : Analyse de données phylogénétiques à l'aide de la signature génomique. Aspects méthodologiques et application aux procaryotes
  
  Abstract :
  Avec la disponibilité de génomes nouvellement séquencés, de nouvelles méthodes apparaissent pour comparer les séquences. De nombreux travaux s’intéressent à étudier les relations entre les espèces en se basant sur l’analyse de leurs génomes et non seulement de quelques gènes homologues.
  La signature génomique, définie comme l’ensemble des fréquences des courts oligonucléotides d’une séquence d’ADN est spécifique de l’espèce. Nous avons démontré que l’utilisation de quelques milliers de paires de bases permettait d’obtenir une signature fiable pour une espèce. À partir de la seule connaissance de ces signatures, des relations taxonomiques entre espèces ont été retrouvées.
  En explorant les signatures de séquences homologues, des arbres phylogénétiques comparables à ceux obtenus par les méthodes phylogénétiques classiques ont été obtenus. Grâce à l’utilisation de la signature sur un grand nombre de gènes, certaines des séquences ont pu être détectées comme des transferts horizontaux potentiels. La signature permet de s’affranchir de l’homologie entre les séquences et ouvre donc de nouvelles perspectives dans la comparaison entre espèces. Nous avons utilisé la signature afin de déterminer les relations de centaines d’espèces procaryotes dont plus de 50kb de leur génome ont été séquencées.
  
  Mot clé: Bioinformatique, Analyse de Séquences, bases de données, phylogénie moléculaire, Méthodologie

• Aventis Pharma - Stagiaire Ingénieur

  Antony 1999 - 1999 Stage Ingénieur de 6 mois en Chimie Organique au centre de recherche de Vitry sur Seine CRVA (94) d'Aventis Pharma.
  
  Sujet : Optimisation de la synthèse d'un nouvel antibiotique et recherche d'un nouveau chemin synthétique. Préparation de la synthèse industrielle.
  
  Sous la tutuelle de Gilles Dutruc-Rosset. Chef du laboratoire : Eric Bacqué.
  
  Résumé: Mon travail a consisté en la recherche d'un nouvel antibiotique grâce à la modification d'un antibiotique breveté existant, puis à l'optimisation de sa synthèse. Il a fallu aussi construire un protocole de synthèse compatible avec une éventuelle phase de production industrielle.

Formations

• Université Paris 7 Denis Diderot

  Paris 2001 - 2005 Analyse de Génome et Modélisation Moléculaire

• Université Paris 7 Denis Diderot

  Paris 2000 - 2001 Analyse du Génome
  
  Anciennement DEA Analyse du Génome et Modélisation Moléculaire

• Ecole Supérieure De Physique Et De Chimie Industrielles

  1997 - 2001 Chimie option Biologiste

• Lycée Blaise Pascal

  Orsay 1995 - 1997 PC*

• Lycée Blaise Pascal

  Orsay 1992 - 1995 S