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APHP - Hôpital Saint Louis - UF Oncologie Moléculaire
- Ingénieur d'Etude - Biologie Moléculaire
2014 - maintenant
Ingénieur Biologiste - APHP
1/Activité Diagnostique au sein de l'unité fonctionnelle d'Oncologie Moléculaire de l'hôpital Saint-Louis:
Responsable: Dr. Jacqueline Lehmann Che, Dr. Patricia de Cremoux
Mission: Intégration des activités innovantes de haut débit pour le diagnostique des cancers en oncologie moléculaire.
2/Activité Recherche: Projet ANR "DigiDiag".
Développement d'outils microfluidiques pour la caractérisation moléculaire des tumeurs & biopsies liquides (ADN, ARN tumoral circulant)
Mission: En charge de la coordination des travaux de recherche entre l'unité d'oncologie moléculaire (Saint-Louis, APHP) et le laboratoire MMBM (Institut Pierre Gilles de Gène, UMR168, Institut Curie-CNRS) du Dr. Jean-Louis Viovy.
- Conception d'un outil miniaturisé pour l'étude de l'expression de gènes impliqués dans les cancers du sein.
- Implémentation des tests de biologie moléculaire à l'échelle du nanolitre (microdroplets).
- Validation à travers une étude comparative en aveugle à partir d'échantillons patients dans le cadre d'une étude clinique.
- Valorisation: Publication (Nature Scientific reports), Présentations Orales (Congrés France et à l'étranger: µTAS2014 San Antonio, US).
- Gestion de Projet: suivi & planification activités, communication en interne...
3/ Activité au sein de l'UF d'Oncologie Moléculaire (Hôpital Saint-Louis, APHP):
a/ Création de l'activité NGS (Next generation Sequencing) pour la caractérisation moléculaire des tumeurs bronchiques, colorectales, sein, ovaire, prostate à visée diagnostique et théranostique
- Participation aux choix techniques (NGS, Panels de gènes):
- Définition des Besoins (Cliniciens)
- Etude de marché (mise en concurrence, interlocuteur fournisseurs)
- Gestion des commandes, stocks (sourcing)
- Ingénieur référent pour les Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP moléculaire)
- Transfert du NGS en diagnostique:
- Réalisation des Tests de faisabilité.
- Rédaction Protocoles techniques opérateurs
- Formation et encadrement de l'équipe technique (initiale et continue)
- Co-responsable du plateau technique NGS pour le pôle B2P Saint-Louis
- Implémentation de solutions bio-informatique pour l'analyse et la gestion des data:
- Exploitation des data (base de données, langage R)
- Logiciels d'analyse des données en NGS (environnement Galaxy, Sophia Gx)
- Intégration de nouveaux Panels de gènes pour:
- Panel BRCA1/2 en somatique
- Recherche des transcrits de fusion (RNA-Seq) dans le cadre des cancers bronchiques
- Panel Lymphome (Mutations, Expression, Fusion)
- Panel ADN tumoral circulant
b/ Mise en place des signatures luminales (Technologie EndoPredict, Myriad Gx) en somatique:
- Mieux Définir le risque de rechute (Désescalade de la chimiothérapie)
- Formation & Encadrement de l'équipe Technique
- Unique plateforme à l'APHP (mise en place: Juin 2016)
c/ Analyse génétique à haut débit pour permettre la classification histomoléculaire des sous-types de lymphomes:
- Formation auprès du centre de référence national (Centre Henri Becquerel, Rouen)
- Intégration de la technologie RT-MLPA
d/ Mise au point de protocoles qPCR et séquençage Sanger pour la détection de mutations au niveau du gène ESR1.
e/ Expertise: Norme NF_EN_ISO 15189_2012
Acteur dans la démarche d'accréditation du laboratoire pour répondre aux exigences de qualité, traçabilité et savoir-faire demandé par la norme.
f/ COPIL Plateforme Génomique:
Acteur dans la rédaction du cahier des charges pour la mise en place d'une plateforme génomique haut débit pour le diagnostique à l'échelle du pôle B2P de l'hôpital Saint-Louis.
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Institut Curie
- Ingénieur d'Etude - Biologie Moléculaire
PARIS 5
2011 - 2014
Institut Curie - Secteur Recherche
UMR168 (Curie/CNRS) - Equipe Macromolécules et Microsystèmes pour la Biologie et la Médecine (MMBM)
Resp: Dr Jean-Louis VIOVY
1/ Création & Gestion d'une plateforme de biologie moléculaire pour une équipe de 25 personnes (profils: Etudiants, Ingénieurs, Physiciens, Chimiste, Biologiste).
2/ Intégration de techniques de biologie moléculaire dans des systèmes microfluidiques:
PCR, long range PCR, qPCR, qRT-PCR, RT-RCA, PLA, C2CA, FISH (RNA & DNA).
3/ Dans le cadre du projet Européen DIATOOLS (FP7th):
Développement et intégration de techniques innovantes d’analyse ADN (RCA, C2CA), ARN (RT-RCA, RNA Fish) et protéines (PLA) en système microfluidiques (Flux laminaire, Plug magnétiques, microfluidique de gouttes).
- Formations suivies à l'université d'Uppsala (SciLife Lab, Suède): Pr. Ulf Landegren, Dr. Matts Nilson.
- Transfert Technologique au laboratoire avec intégration en système microfluidique.
4/ Responsable:
- Maintenance instruments (biologie moléculaire, parc microscopes Nikon, hôtes...)
- Principal contact pour les fournisseurs.
- Gestion des Stocks consommables (plastiques, petits instruments...)
5/ Microfluidique: Microfabrication & Traitements de Surface:
- Apprentissage des méthodes de: Roll-Embossing, Hot-Embossing, Micro-usinage, Impression 3D
- Matériel usiné: PDMS, COC, NOA
- Réalisation d'une étude de caractérisation de surfactants pour la compatibilité des réactions de biologie moléculaire en milieu microfluidique (échelle: micromètre, nanomètre).
6/ Bibliographie, Veille technologique, Présentations Orales (Anglais, Français).
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Fluigent
- Responsable Production
paris
2008 - 2011
Ingénieur Biologiste, Responsable Production (CDI)
Responsable Dpt Life Science: Dr. Jérémy Weber
En charge du pôle production pour la commercialisation de la technologie EMMA (Enhanced Mismatch Mutated Analysis) pour la détection simultanée de mutations ponctuelles et réarrangements de grandes tailles sur l'ADN en électrophorèse capillaires.
1/ Responsable du département Production EMMA:
- Mise en place de la Production du polymère EMMA (en lien avec la SEPPIC, Air Liquide)
- Création des protocoles de fabrication, validation.
- Réalisation d'études de stabilité des polymères (2 ans).
- Gestion des stocks, suivi d'Activité.
- Mise en place de la Production des Panels d'amorces pour l'analyse des gènes BRCA1/2 (Cancer du Sein)
- Design de l'ensemble des amorces pour couvrir les gènes BRCA1/2 (20kb, 100 couples d'amorces, 24 Multiplexes)
- Gestion du parc instruments, Gestion des Stocks consommables, Gestion des Commandes .
- Encadrement de l'équipe technique
2/ Responsable Support Client EMMA:
- Mise en place de la technologie chez les clients (France, Israel, Canada)
- Formation des utilisateurs (rédaction des manuels d'utilisation Fr, UK)
- Suivi des Utilisateurs (SAV, Interventions sur site)
- Gestion des Commandes Clients
3/ Gestion de Projet R&D pour l’amélioration de la technique EMMA (design amorces, optimisation protocoles PCR, PCR multiplex, qPCR).
4/ Responsable du Processus Production & Logistique Life Science - norme NF_EN_ISO 9001:2008.
- Création du Workflow Processus Production en collaboration avec le responsable qualité.
- Entreprise accréditée sur l'ensemble de ses activités.
5/ Mise en place des plateformes: Microbiologique, PCR Temps Réel (Smartcycler, Cepheid), Quantification & Qualification des acides nucléiques.
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Hôpital Curie
- Technicien Supérieur
2007 - 2008
Hôpital Curie - Service de Génétique Constitutionnelle
Responsable: Dr. Dominique Stoppa-Lyonnet
Poursuite du développement/validation de la technologie EMMA:
- Réalisation d'une étude en aveugle sur 300 échantillons patients pour la recherche de mutations au niveau des gènes BRCA1 & 2 dans un contexte de cancer du sein (étude comparative avec les techniques standards).
- Caractérisation des polymères (R&D) EMMA pour la réalisation d'électrophorèse capillaires sur séquenceur Sanger.
- Mise en place du process d'utilisation des séquenceurs Sanger (type 3130, 3130xl ABI) avec utilisation d'un polymère EMMA (modification paramètres)
- 1ère Externalisation de la technologie d'analyse EMMA.
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Institut Curie
- Assistant Ingénieur
PARIS 5
2006 - 2007
Institut Curie - Secteur Recherche
UMR168 (Curie/CNRS) - Equipe Microfluidique (MMBM)
Responsable: Dr. Jean-Louis Viovy
Encadrement: Dr. Jérémy Weber
Développement et validation d'une nouvelle technique de diagnostic moléculaire en électrophorèse capillaires: EMMA (Enhanced Mismatch Mutated Analysis).
- Design amorces et optimisation de protocoles PCR multiplex pour les gènes BRCA1 et BRCA2.
- Formation des utilisateurs et Participation à des projets de recherche (gènes candidats...).
- Participation au diagnostic moléculaire sur les gènes BRCA1 et 2, RB1 et ATM au sein du laboratoire de génétique constitutionnelle de l'hôpital Curie.
- Participation au développement d'un logiciel d'analyse (Emmalys) dédié à la méthode EMMA.
- Caractérisation de polymères en GPC (Chromatographie en Phase Gazeuse).
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Hôpital Necker
- Assistant Ingénieur
2005 - 2006
UMR781 (INSERM/APHP) - Unité des Enfants Malades - Hôpital Necker Enfants Malades
Responsable: Pr. Stanislas Lyonnet
Encadrement: Dr. Mathieu Clément-Ziza
Recherche de gènes candidats pour la maladie de Hirschsprung (défaut de migration des cellules neuronales au niveau du côlon).
Identification de variations nucléotidiques par les techniques de Chromatographie phase liquide en condition dénaturante (dHPLC) et Séquençage Sanger en électrophorèse capillaires (3130xl ABI) sur une cohorte de 300 échantillons patients.
Réalisation de coupes de tissus congelés (Microtome).
Captures de cellules neuronales par microdissection laser.
Extractions ADN, ARN à partir de tissus congelés.
Réalisation de marquages protéiques sur coupes d'embryons humain.
