Thibault LEROY

En résumé

Entreprises

• Inra Angers

  maintenant

• INRA

  Paris maintenant

• INRA - UMR BIOGECO - Equipe Génétique - Population Genegeek

  2014 - maintenant Whole-genome scan between four interfertile oak species (ANR Genoak grant).
  
  Sequencing (next-gen pool sequencing) : 4 species = 4 pools (~300Gb per pool)
  Population genomics & Bioinformatics pipelines: alignments/mapping, SNP calling, popoolation 1 & 2, genome scans (e.g. BayeScan), etc...
  -Pairwise comparisons of species divergence in the European White oak species compex (4 species), Fst/population genetic estimators of diversity
  -Identification of candidate speciation genes.
  
  Keywords: Speciation genomics, intrinsic vs. ecological barriers, reproductive isolation, somatic mutation

• INRA - Génétique/Génomique des populations

  Paris 2013 - 2013 - Reséquençage complet et assemblages de génomes de Venturia inaequalis
  - Analyse de données de type NGS (diversité, tests de neutralité, etc...)
  - Etude de l'architecture des génomes de Venturia (prédictions bioinformatiques diverses)

• Université d'Angers - Doctorant en génomique des populations

  Angers 2009 - 2012 Etude de la divergence entre populations avirulentes et virulentes-Vf et des conséquences évolutives associées à un contact secondaire chez un pathogène
  
  Spéciation: étude des composantes écologiques et non écologiques de l'isolement reproductif, barrières (Dobzhanski-Muller, etc...)
  - Histoire évolutive des populations avirulentes et virulentes-Vf (coutournant le gène de résistance Vf du pommier)
  - Scan génomique (marqueurs AFLP) et détection de locus sous sélection
  - Cartes génétiques et étude des distorsions aux locus outliers
  - Autostops génétiques
  
  Conséquences évolutives/épidémiologues
  - Recombinaison génétique et conséquences évolutives
  
  
  Titre Thèse: Conséquences évolutives d'un contact secondaire chez les pathogènes : une alternative aux hypothèses écologiques
  
  Résumé Thèse: Les programmes d’amélioration variétale puisent souvent leurs sources de résistance dans les ressources génétiques sauvages. Après déploiement des variétés, les résistances de type monogénique sont souvent rapidement contournées dans les agrosystèmes par des souches virulentes. L’émergence de la virulence peut avoir deux origines : soit elle est acquise à partir d’une nouvelle mutation à l’intérieur des agrosystèmes, soit elle préexiste dans le compartiment non-cultivé. Sous ce second scénario, l’émergence conduit à des contacts secondaires potentiellement suivis de flux de gènes dans les agrosystèmes. Dans cette thèse, nous étudions les conséquences génétiques et épidémiologiques associées à ces contacts secondaires entre des populations avirulentes et virulentes, en utilisant comme modèle l’émergence des populations virulentes du champignon Venturia inaequalis sur les pommiers porteurs du gène de résistance Rvi6. Notre approche de génomique des populations démontre que le contact secondaire révèle l’existence d’un flux de gènes hétérogène entre la population invasive virulente et la population résidente avirulente du à des barrières génétiques endogènes (DMI) accumulées pendant la période de divergence allopatrique. L’analyse d’une descendance a permis de cartographier ces barrières et de caractériser leur nature post-zygotique. Nous montrons que la recombinaison au verger entre les deux génomes divergents génère de nouvelles combinaisons génétiques plus agressives sur des variétés commerciales sensibles par cumul de facteurs d’agressivité provenant des deux génomes. Ces travaux pointent le risque épidémiologique d’émergence de nouvelles souches recombinantes favorisée par contact secondaire dans les agrosystèmes suite au déploiement de nouveaux gènes de résistance.
  

Formations

• Université Angers

  Angers 2004 - 2007 Biologie des Organismes

Réseau

• Alexandre CARRÉ

• Amélie GAUTIER

• Clémentine OLLIVIER

• Fabien SOLÉ

• François EHRENMANN

• Laurana SERRES-GIARDI

• Mélanie POLMAN

• Séverine HAUDRÉCHY (ALCOVER)

• Yvan MAINER DIESTE