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Deinove
- Chargé de recherche
Paris
2010 - maintenant
Je suis aujourd'hui chargé de recherche en enzymologie et mon rôle consiste à résoudre les différentes problématiques enzymatiques relatives à l'élaboration d'une machinerie métabolique originale visant à produire du bioethanol de seconde génération.
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INSA LISBP
- Assistant de recherche
2009 - 2010
Le but de mon projet était le développement d’une synthèse de polymère via une approche bio-inspirée. Cette approche s’appuie sur le développement de catalyseurs enzymatiques modifiés par ingénierie de protéine.
Cette approche permet de minimiser l’utilisation d’intermédiaires toxiques et polluants, issus notamment de la pétrochimie. Ces catalyseurs enzymatiques sont biodégradables et donc satisfont les contraintes environnementales. De plus la catalyse enzymatique permet d’utiliser la haute activité, la chimio, regio et stereo séléctvité des enzymes, ces avantages étant de loin supérieurs à ce que peut offrir la chimie. L’utilisation d’enzyme avec des substrats non naturels dans des mileux non conventionnels donne l’opportunité de synthétiser des polymères ayant un large panel de variations de structures. La polymérisation catalysée par des hydrolases d’ester est l’approche la plus étudiée à l’heure actuelle. Dans ce groupe d’enzymes, les lipases sont clairement les enzymes les plus étudiées. Ces enzymes sont capables d’utiliser des substrats hydrophobes dans des milieux organiques tout en conservant leurs activités. Quand ce sont des lactones ou des lactides qui sont utilisés comme substrat, les polyesters sont synthétisés par polymérisation par ouverture de cycle.
La synthèse de polyester catalysée par les lipases est actuellement très lente et est réalisée par la forme sauvage immobilisée NOVOZYM 435 de Candida Antarctica. La diversité naturelles des lipases et l’influence de la topologie des différents sites actifs dans leur efficacité à polymériser n’ont jamais été explorées alors qu’il est probable que grâce à l’ingénierie de protéine on soit capable de développer de meilleurs catalyseurs. La combinaison d’un design rationnel et de mutations aléatoires à des positions bien définies a été utilisée afin d’améliorer la liaison du ligand, la reconnaissance du substrat, l’activité catalytique et l’influence énantiosélective des lipases. Les mutations ont portées sur 15 acides aminés et les banques de mutants ont été produites. Mon projet porte donc sur la mise en place de test d’activité permettant de déterminer les constantes cinétiques des substrats en milieu aqueux comme en milieux organiques pour chaque mutant. Ce test devra être compatible avec une étude à haut débit afin de cribler cette librairie de 15 mutants
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Université de Montréal
- Associé de recherche
2008 - 2009
Durant l'année sabbatique du Pr. Keillor, j'ai été responsable de son équipe de recherche à l'Université de Montréal. Cette opportunité m'a amené à développer mes capacités d'animateur d'équipe de recherche composée d'étudiants en maîtrise, doctorat et postdoctorat. Cette fonction m'a permis d'être compétent dans la gestion de budget de recherche, de conflits et de ressources humaines.
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Université de Montréal
- Stagiaire Post-Doctoral
2005 - 2008
Afin d'enrichir ma formation tant sur le plan professionnel qu'humain j'ai réalisé un stage post-doctoral dans le groupe de recherche du Pr. Jeffrey Keillor à l’Université de Montréal. J'ai ainsi étendu ainsi mes compétences à la synthèse organique de marqueurs fluorescents d’enzyme, la Transglutaminase. L'étude des inhibiteurs a été réalisée par cinétiques enzymatiques me permettant ainsi de développer une réelle expertise en enzymologie.
J’ai réalisé des études de cristallographie de protéine en partenariat avec l’équipe du Pr. Albert Berghuis de l’Université McGill à Montréal. Des travaux de biologie moléculaire (construction de plasmide, séquençage), d’expression et de purification de protéine (Transglutaminase) ont été mis en place.
Ce stage post-doctoral à l’étranger m'a donné l’opportunité de travailler dans un environnement anglophone me permettant ainsi de perfectionner cette langue.
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Université de Montréal
- Assistant de recherche
2003 - 2005
J’ai souhaité approfondir ma formation doctorale spécialisée par différents stages de cristallographie de protéine, à l’Université de Montréal dans l’équipe du Pr. Jurgen Sygusch, grâce auxquels j’ai pu apprendre la résolution de structure cristalline d'une enzyme, l'aldolase, en présence d'inhibiteurs slow binding que j'avais synthétisés.
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Université Blaise Pascal
- Stagiaire de D.E.A.
2001 - 2001
J’ai ensuite poursuivi mon parcours universitaire par l’obtention d’un D.E.A. de Chimie des Biomolécules et Applications durant lequel j’ai réalisé un stage de six mois à l’université Blaise Pascal de Clermont Ferrand au sein de l’équipe du Pr. Laurence Hecquet. Ce stage était financé par les laboratoires FOURNIER et consistait en la synthèse chimioenzymatique de composés à visée thérapeutique. Cette expérience m’a permis de couvrir un large spectre de connaissances de la synthèse organique, chimioenzymatique jusqu’à l’expression et la purification d’enzyme d’intérêt.
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Université Paul Sabatier
- Doctorant
Toulouse
2001 - 2005
J’ai entamé un Doctorat de Chimie dans l’équipe du Dr. Casimir Blonski du groupe de Chimie Organique Biologique de l’Université Paul Sabatier dont l’intitulé est : « Synthèse et études d’inhibiteurs de l’aldolase de classe I ». Durant ces années de doctorat, j’ai acquis des compétences dans différents domaines tels que l’enzymologie classique et moléculaire et la synthèse chimique. Ces travaux de thèse ont également donné lieu à publication (Chabot N., Vinatier V., Gefflaut T., Baudoin C., Rodriguez F., Blonski C., Hoffmann P. Irreversible Inhibition of Aldolase by a Phosphorylated -Dicarbonyl Compound Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry. (accepté) ainsi qu’à deux articles en cours de rédaction.
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Université Paul Sabatier
- Stagiaire de Maîtrise
Toulouse
2000 - 2000
Pendant mon année de Maîtrise, j’ai eu l’opportunité de réaliser un stage de 6 mois au sein du groupe de Chimie Organique Biologique du Pr. Jacques Périé à l’Université Paul Sabatier de Toulouse. Ce stage m’a permis de m’initier à la synthèse organique d’inhibiteurs d’enzyme mais aussi aux études de cinétiques enzymatiques de ces composés en présence de l’enzyme d’intérêt : l’aldolase. Ces travaux de Maîtrise ont notamment donné lieu à publication (Dax C, Duffieux F, Chabot N, Coincon M, Sygusch J, Michels PA, Blonski C. Selective irreversible inhibition of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Trypanosoma brucei. J Med Chem. 2006; 49(5); 1499-1502).
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INSERM, CHU de Rangueil, Toulouse
- Stagiaire d'été
1999 - 1999
J’ai réalisé ensuite un stage de trois mois dans l’équipe du Pr. Robert Salvayre au C.H.U. de Rangueil à Toulouse (INSERM)avec pour thème de stage "LDL oxydés : leur rôle dans l’athérosclérose". J’ai alors pu me familiariser avec les techniques de biologie moléculaire.
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Département Génie Biochimique et Alimentaire, INSA de Toulouse
- Stagiaire d'été
1998 - 1998
Afin d’enrichir ma formation universitaire, j’ai réalisé différents stages d’été. Tout d’abord dans le département de Génie Biochimique et Alimentaire de l’INSA de Toulouse au sein du groupe du Pr. Pierre Monsan, je me suis initié durant trois mois aux techniques d’expression et de purification d’une enzyme : la tartrate deshydrogénase.
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Laboratoire de l'eau
- Assistant de recherche
1997 - 1997
J'ai travaillé durant trois moi au Laboratoire de l'eau de Launaguet en tant qu'assistant de recherche. Mon travail consister à surveiller la qualité de l'eau.
